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La réforme de la TVA des opérateurs de compétences entraîne une évolution des modalités de facturation et de paiement, avec notamment la fin de la subrogation pour plusieurs dispositifs.
À compter du 1er octobre 2026, la réforme du régime de TVA applicable à certains OPCO entraîne de nouvelles modalités de facturation et de paiement pour plusieurs dispositifs de financement de la formation professionnelle. Les organismes de formation sont notamment concernés par l’évolution des règles de subrogation de paiement, avec la coexistence de plusieurs circuits selon les dispositifs et les Opco.
Le régime de TVA des OPCO évolue
Cette évolution fait suite à deux rescrits de la Direction de la législation fiscale, qui considèrent les OPCO comme assujettis à la TVA pour certaines activités, conformément aux règles de droit commun prévues par l’article 256 A du Code général des impôts. Cette évolution concerne notamment certaines prestations réalisées pour France compétences, certains cofinanceurs ou dans le cadre de certains versements des entreprises. Les frais de gestion, d’information et de missions facturés à France compétences sont concernés depuis le 1er janvier 2026. Les autres opérations concernées le sont à compter du 1er octobre.
Si cette réforme ne modifie pas le régime de TVA applicable aux organismes de formation, elle peut toutefois modifier les circuits de facturation et de remboursement pour de nombreux dossiers.
Ce qui change pour la facturation des formations
La subrogation de paiement permet à un opérateur de compétence de régler directement l’organisme de formation pour le compte de l’entreprise, dans la limite de la prise en charge accordée. Dans les situations concernées par la réforme, l’entreprise doit désormais être destinataire de la facture pour pouvoir exercer, le cas échéant, son droit à déduction de la TVA. L’organisme de formation lui facture donc directement la formation en TTC. L’entreprise règle la facture puis demande à son OPCO le remboursement de la prise en charge, calculée en HT. Elle conserve à sa charge la TVA, qu’elle peut, le cas échéant, récupérer dans le cadre de sa déclaration fiscale.
Ce nouveau fonctionnement modifie ainsi le circuit de facturation pour l’organisme de formation et les modalités de paiement pour l’entreprise, qui règle directement la facture avant le remboursement de sa prise en charge par l’OPCO.
Les contrats d’apprentissage ne sont pas concernés, leur financement relevant d’un dispositif spécifique prévu par le Code du travail, dans lequel l’Opco prend directement en charge les frais de formation auprès du CFA.
Des modalités qui varient selon les Opco
À partir du 1er octobre, deux circuits de facturation vont donc coexister : la facturation directe à l’entreprise lorsque la subrogation est supprimée et le paiement direct par l’Opco lorsque celle-ci est maintenue, ce dernier devenant l’exception. Certains opérateurs, comme l’Opco Santé et Uniformation, restent par ailleurs hors du champ de la réforme du fait de leur exonération de TVA.
Les modalités peuvent varier selon les dispositifs et les Opco. AKTO maintient la subrogation de paiement pour les contrats d’apprentissage, hors aide à l’exercice de la fonction tutorale, ainsi que pour les dossiers financés intégralement au titre du plan de développement des compétences des entreprises de moins de 50 salariés. En revanche, pour les contrats de professionnalisation, les périodes de reconversion et certains cofinancements, la subrogation prend fin pour les dossiers engagés à compter du 1er octobre 2026.
Les autres Opco ont également publié leurs propres modalités de mise en œuvre, avec des approches qui peuvent varier, notamment sur le traitement des dossiers déjà engagés ou les mesures transitoires prévues : Afdas, Atlas, Opco Mobilités, Opco EP, L’Opcommerce, Constructys, OCAPIAT et OPCO 2i.
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